السلام عليكم....
اسائل عن كيفية رفع ملف من نوع txt او xml الى قاعدة بيانات من نوع mysql لكون الملف يحتوي على كم هائل من البيانات ولايمكن ادخالها يدويا.
اذ يقوم سرفر (BLAST) بانشاء هذا النوع من الملفات والذي يحتوي على معلومات عن عشرات الاف من الجينات.
طبعا سيتم انشاء جداول البياتات طبقا لتركيب الملفات, لكن تضل المشكلة هي كيفية رفع هذا الكم الهائل من المعلومات؟؟
ارجوا المساعدة لكون هذا بحث علمي وليس واجب مدرسي او ما الى ذلك.
زورو موقعنا
عليكم السلام
تقدر تخزن مسار الملف المرفق xml او txt في الجدول وترفعه او تصل إليه من خلال اللغة المستخدمة على سبيل المثال PHP
(map share people)
فضلا لاتقم بمراسلتي من أجل أسئلة لها أقسامها في المنتدى حتى تعم الفائدة على الجميع وللحصول على إجابات أفضل من أعضاء أكثر خبرة.
Weblog
@bitbucket
@xmonader
ahmed_youssef كتب:عليكم السلام
تقدر تخزن مسار الملف المرفق xml او txt في الجدول وترفعه او تصل إليه من خلال اللغة المستخدمة على سبيل المثال PHP
شكرا اخي احمد على الرد
لاادري ان كنت قد فهمتك بشكل كامل ولكن على العموم ماقصدته هو اني اريد انشاء جداول طبقا لتركيب هذه الملفات ومن ثم رفع محتوى الملف الى الجدول.
اي ان الجدول الذي سأرفع اليه المعلومات في الجدول المرفق سيحتوي عاى الاعمدة التاليه والتي ستكون مطابقه لاعمدة الجدول
SeqName Hit-Desc GO-Group GO-ID Term
وقد قمت بارفاق عينة من الملفات يحتوي على مقطع
زورو موقعنا
جرب mysqlimport وهي أداة من MySQL واقرأ التعليقات في أسفل الصفحة.
cljneophyte كتب:جرب mysqlimport وهي أداة من MySQL واقرأ التعليقات في أسفل الصفحة.
شكرا اخي cljneophyte ساقراء طريقة الاستخدام ولكن سؤالي الاخير هل يمكن استخدام هذة الاداة مع الملفات النصية او يجب ان تكون ملفات من نوع xml ؟
زورو موقعنا
هذه ليست للXML بل هي تحديداً للملفات النصية مثل الملف الذي رفعت.
تم تعديل هذه المشاركة بواسطة cljneophyte في 22 يوليو 2011 في 13:41
بالمناسبة أخ أكرم،
بما أنك تتعامل بالDNA فأظن أنكم تقومون باحصاءات أو ما شابه. إذا كان ذلك صحيحاًً فهل تستخدمون لغة برمجة R؟
اه ظننت مجرد ملف ويتم رفعه وإستخدامه لاحقا
ولكن لامشكلة ... هل قمت بكتابة معالج لمحتوى الملف ؟ ليقوم بإستخراج البيانات منه وإدخالها بالصورة المناسبة في الجداول ؟
(map share people)
فضلا لاتقم بمراسلتي من أجل أسئلة لها أقسامها في المنتدى حتى تعم الفائدة على الجميع وللحصول على إجابات أفضل من أعضاء أكثر خبرة.
Weblog
@bitbucket
@xmonader
cljneophyte كتب:بالمناسبة أخ أكرم،
بما أنك تتعامل بالDNA فأظن أنكم تقومون باحصاءات أو ما شابه. إذا كان ذلك صحيحاًً فهل تستخدمون لغة برمجة R؟
لا اخي الفاضل هذه مخرجات تكنولوجيا تسمى Next generation Sequencing)NGS) الحقيقة لاادري ماتسمى بالعربي حيث يكون النتج من هذه العملية مئات الالاف من الجينات او البروتينات.
نعم قد يتم استخدام الاحصاء بشكل ما ولكن في الغالب يتم استخدام لغة python او perl لمختلف الاغراض.
ahmed_youssef كتب:اه ظننت مجرد ملف ويتم رفعه وإستخدامه لاحقا
ولكن لامشكلة ... هل قمت بكتابة معالج لمحتوى الملف ؟ ليقوم بإستخراج البيانات منه وإدخالها بالصورة المناسبة في الجداول ؟
ماذا تقصد بمعالج؟؟ اعتقد ان هذا ما احتاجه...ولكن كيف؟؟
زورو موقعنا
نعم .. الملفات ذات صيغة معينة Grammer تحتاج بعض العمل لإستخراج البيانات مثلا المشهور هو flex, bison او pyparsing او ماشابه (حسب اللغة التي تستخدمها)
(map share people)
فضلا لاتقم بمراسلتي من أجل أسئلة لها أقسامها في المنتدى حتى تعم الفائدة على الجميع وللحصول على إجابات أفضل من أعضاء أكثر خبرة.
Weblog
@bitbucket
@xmonader
اقتباساخي احمد انا لا اريد تنجيم او استخراج معلومات من الملف..على العكس اريد اخذ المعلومات من الملف الى جدول ما!!
هل ستقوم الإدخال بصورة يدوية لكل هذه العناصر إلى الجداول ؟
إذا نعم .. الله معك
إذا لا .. فالحل (الوحيد) هو إستخلاص البيانات المطلوبة للتخزين في الجدول عن طريق معالجة صيغة الملف لديك
(map share people)
فضلا لاتقم بمراسلتي من أجل أسئلة لها أقسامها في المنتدى حتى تعم الفائدة على الجميع وللحصول على إجابات أفضل من أعضاء أكثر خبرة.
Weblog
@bitbucket
@xmonader
طبعا يدويا مستحيل لذلك اطلب المساعدة هنا
ممكن تعطي مثال على الملف المرفق....لنتمكن من التعميم
زورو موقعنا
المتواجدون خلال آخر دقيقتين · يتحدّث كل ٣٠ ثانية
جارٍ التحقق من المتواجدين…